黄姚豆豉的制作过程非常讲究，需要经过两次发酵，并充分利用食用霉菌进行精制。整个流程包括五个步骤：浸豆、蒸制、发酵、配料和封坛。

据民国时期编撰的《昭平县志》记载，制作黄姚豆豉需要选用黑豆或朱砂豆，经过洗净、蒸煮、冷水浸泡、再次蒸煮、摊冻、霉房霉制、清洗、落笺、摊晒和手捞等一系列繁琐工序，历时近半个月才能完成。而在晒豆的过程中，还需要不断地进行手捞和翻动，使豆豉充分发酵和霉变，才能最终形成黄姚豆豉独特的口感和风味。